实验室 | 基础医学院医学生物信息学系周源课题组

    北京大学基础医学院主要从事生物医学领域的基础及应用基础研究，拥有雄厚的科学研究综合实力以及一批具备国际先进水平的科研基地和实验技术平台。接下来基础研会将为大家依次介绍基础医学院各大实验室，让大家对学院的科研状况能有更为深入的了解。本期将进行基础医学院医学生物信息学系实验室推送，一起走进周源课题组！

01

实验室简介 

周源实验室成立于2019年，研究方向是医学生物信息学，目前实验室成员包括1名老师、5名学生。

让我们先通过一个小视频来了解一下周源课题组吧！

点击边框调出视频工具条 https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?width=500&height=375&auto=0&vid=q3312zjm544  

02

导师简介

周源，北京大学基础医学院医学生物信息学系副研究员，博士生导师。2015年进入北京大学医学部工作。主要从事转录组、非编码RNA与RNA修饰的生物信息学研究，建立了SRAMP、TAM2.0、PACES、m6Acorr、MDCAP等多个生物信息学方法工具（累计使用超过15万次）以及TransmiR v2.0与HMDD v3.0数据库（Database Commons影响力排名分别位列前10%和前5%）。近五年以第一或通讯作者身份（含共同）在Nucleic Acids Research, Genome Biology, Genomics Proteomics & Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, Science Advances等国内外生物信息学领域主流期刊发表SCI论文29篇，其中获ESI高被引论文收录3篇。

03

研究领域 

1.非编码RNA的功能预测分析

2.疾病相关转录组的计算分析

3.表观遗传修饰的关键靶基因计算筛选及其生物学功能

4.网络生物学与网络药理学

04

实验室团队及培养 

实验室地址：暂位于行政2号楼243

1.科研队伍

本实验室共有八年制学生1名，五年制博士生1名，统招博士生1名，硕士生2名。

2. 培养模式

课题组同学每周五进行文献学习汇报，在学习生物信息学前沿方法的同时锻炼口头汇报能力，老师也会参与点评。同时，课题组会定期举行内部所有学生的进展汇报，老师会直接参与指导课题的方向和思路。平时在课题相关方面所遇到的问题，老师也能有针对性地进行指导与帮助。

3. 实验室氛围

实验室氛围极佳，周老师为人温柔谦和而且能力很强，能够非常细致耐心地帮助学生解决问题。同时也会鼓励学生进行自主探索，并且能够给出相应的指导和建议。

同学之间关系温馨和睦，课题组平均一个月会有一次聚餐或者出游，培养老师同学之间感情。师兄师姐都能够耐心地帮助新同学解决科研上的遇到的技术难题。

科研工作只需要一台电脑，无需其它复杂的硬件条件，科研产出快。

代表性成果及论文

1.Zhan Tong, Qinghua Cui, Juan Wang*, Yuan Zhou*. TransmiR v2.0: an updated transcription factor-microRNA regulation database. Nucleic Acids Res, 2019, 47(D1):D253-D258. [SCI IF=11.502; ESI高被引论文]

2.Zhou Huang#, Jiangcheng Shi#, Yuanxu Gao#, Chunmei Cui, Shan Zhang, Jianwei Li*, Yuan Zhou*, Qinghua Cui*. HMDD v3.0: a database for experimentally supported human microRNA-disease associations. Nucleic Acids Res, 2019, 47(D1):D1013-D1017. [SCI IF=11.502; ESI高被引论文]

3.Yuan Zhou*, Pan Zeng, Yan-Hui Li, Ziding Zhang, Qinghua Cui*. SRAMP: prediction of mammalian N6-methyladenosine (m6A) sites based on sequence-derived features. Nucl Acids Res, 2016,44(10):e91. [SCI IF=11.502; ESI高被引论文]

4.Zhou Huang#, Leibo Liu#, Jiangcheng Shi, Qinghua Cui, Jianwei Li*, Yuan Zhou*. Benchmark of computational methods for predicting microRNA-disease associations. Genome Biol, 2019, 20(1):202. [SCI IF=10.806]

5.Jianwei Li*, Xiaofen Han, Yanping Wan, Shan Zhang, Yingshu Zhao, Rui Fan, Qinghua Cui, Yuan Zhou*. TAM 2.0: tool for microRNA set analysis. Nucl Acids Res, 2018, 2018,46(W1):W180-W185. [SCI IF=11.502]

6.Chunmei Cui#, Weili Yang#, Jiangcheng Shi, Yong Zhou, Jichun Yang, Qinghua Cui*, Yuan Zhou*. Identification and analysis of human sex-biased microRNAs. Genomics, Proteomics Bioinformatics, 2018, 16(3):200-211. [SCI IF=7.051]

7.Xue Xu#, Yuan Zhou#, Xiaowen Feng#, Xiong Li#, Mohammad Asad, Derek Li, Bo Liao*, Jianqiang Li*, Qinghua Cui*, Edwin Wang*. Germline genomic patterns are associated with cancer risk, oncogenic pathways, and clinical outcomes. Science Advances, 2020, 6(48): eaba4905. [SCI IF=13.117]

8.Shiping Yang, Hong Li, Fei He, Yuan Zhou*, Ziding Zhang*. Critical assessment and performance improvement of plant-pathogen protein-protein interaction prediction methods. Brief Bioinform, 2019, 18;20(1):274-287 [SCI IF=8.990]

9.Yuan Zhou*, Qinghua Cui*. Comparative Analysis of Human Genes Frequently and Occasionally Regulated by m6A Modification. Genomics, Proteomics Bioinformatics, 2018, 16(2):127-135. [SCI IF=7.051]

10. Wei Ma#, Ji Chen#, Yuhong Meng#, Jichun Yang, Qinghua Cui*, Yuan Zhou*. Metformin alters gut microbiota of healthy mice: implication for its potential role in gut microbiota homeostasis. Front Microbiol, 2018, 9:1336. [SCI IF=4.236]

联系方式

     周源

     北京大学基础医学院医学生物信息学系

     Email: [e-mail]

- END -

  图文|周源课题组

编辑|黄之贞

审核|汪雨嘉 杨亮 张航